TUGAS UJIAN TEKNOLOGI INFORMASI

Haii teman ..

disini  saiia akan  mengemukakan resume saiia mengenai "Transcriptome sequencing and microarray
development for the Manila clam, Ruditapes
philippinarum: genomic tools for environmental
monitoring " 

Kalian tau gak sie "Anadara " sejenis kerang. tapi disini saya akan membahas tentang jenis Kerang Manila.

Kerang moluska dari keluarga Veneridaeasli wilayah Indo-Pasifik. Karena yang nilai komersial sebagai makanan laut, spesies ini telah diproduksi ke daerah lain, di mana telah didirikan secara permanen. Di Eropa, itu pertama kali diimporpada tahun 1972 di Perancis. Tambahan perkenalan terjadi  dari Oregon ke Inggris, diikuti olehbanyak transfer dalam perairan Eropa untuk aquakultur tujuan (Portugal, Irlandia, Spanyol, dan Italia). Nat-Ural reproduksi individu diperkenalkan disukai khususnya di Italia, Perancis, Spanyol dan Irlandia dimana kerang Manila terbukti lebih tahan dan tumbuh lebih cepat daripada endemik cangkang kerang, R. decussatus.Consequently, R. philippinarum pengungsi congene-asli nya spesies ini di kebanyakan daerah, dan sekarang merupakan yang paling penting untuk pendaratan spesies kerang komersial ini. 

Manila kerang microarray platform ditandai juga oleh kehadiran dua probe diduplikasi, di berbeda koordinat pada array yang sama, untuk total 2.000 beranotasi transkrip. Variabilitas antara dua iden probe vertikal untuk transkrip yang sama dievaluasi dengan menggunakan rasio antara dua tingkat intensitas pemeriksaan (flip-perubahan, FC) sebagai ukuran perbedaan sinyal. Rasio ini diharapkan untuk mengasumsikan nilai sekitar 1. Dalam Gambar 2 setiap petak kotak menggambarkan distribusi yang diamati lipat-perubahan antara Probe_1 dan Probe_2 untuk setiap percobaan di kelenjar pencernaan dan kolam insang. Ini adalah simetris, berpusat di sekitar 1 dan sama di seluruh semua percobaan. Konkordansi sinyal hibridisasiuntuk pasang probe dikonfirmasi oleh Pearson memperkirakan koefisien korelasi antara Probe_1 dan Probe_2 untuk setiap gen di tujuh percobaan. Korelasi koefisien selalu lebih besar dari 0,95 dan sangat sig-nificant (p <0,0001) (data tidak ditunjukkan). Perbandingan ekspresi gen pada kelenjar pencernaandan insang. 

Cukup sekian teman resume dari saya..

Maaf bila resume ini kurang baik.. 

Tetapi dapat diambil kesimpulan bahwa kerang manila cukup baik untuk kita konsumsi. 

Ternyata terdapat jenis kerang ini, yang begitu layak untuk dikonsumsi setelah dilakukan penelitian yang mendasar dan cermat.

untuk selengkapnya bisa di lihat disini 

YOUR KEEP SMILLE ^_^ 

THANKZ YOUR COME IN MY BLOG GUYZZ ............

COME AGAIN YAA... 

BIOINFORMATICS OF AQUACULTURE

Pengertian Bioinformatik

Bioinformatika(bioinformatics) adalah (ilmu yang mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam  amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Sesuai dengan asal katanya yaitu “bio” dan “informatika”, adalah gabungan antara ilmu biologi dan ilmu teknik informasi (TI). Pada umumnya, Bioinformatika didefenisikan sebagai aplikasi dari alat komputasi dan analisa untuk menangkap dan menginterpretasikan data-data biologi. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

 

TEKNOLOGI DAN PENERAPAN BIOINFORMATIKA

Program-program Bioinformatika

Sehari-harinya bionformatika dikerjakan dengan menggunakan program pencari sekuen (sequence search) seperti BLAST, program analisa sekuen (sequence analysis) seperti EMBOSS dan paket Staden, program prediksi struktur seperti THREADER atau PHD atau program imaging/modelling seperti RasMol dan WHATIF.Contoh-contoh di atas memperlihatkan bahwa telah banyak program pendukung yang mudah di akses dan dipelajari untuk menggunakan Bioinformatika.

Add caption

PERAN BIOINFORMATIKA DALAM BIDANG AQUAKULTUR

Jurnal dapat dilihat dengan >klik disini< 

Dalam era yang modern saat ini bioinformatika merupakan salah satu teknologi yang banyak digunakan. Pada bidang aquakultur contohnya pengaplikasian transfer gen. Dalam dunia aquakultur karakter-karakter genetic seperti laju pertumbuhan, ketahanan terhadap suhu dingin dan penyakit dan daya tahan terhadap kadar oksigen yang terlarut rendah dapat diintroduksikan ke ikan bernilai ekonomis penting. Peneliti dari Balai Riset Perikanan Budidaya IPB Bogor, Dr Ir Restu Nugroho, M.Sc mengatakan, rekayasa genetika ikan akan menjadi alternatif untuk pengembangan budidaya perikanan masa depan. Menurut dia, akuakultur akan memegang peranan penting untuk mensuplai kebutuhan pangan khususnya dari hasil perikanan di masa depan. Ia mengatakan, saat ini perkembangan produksi budidaya perikanan sangat pesat dibanding sektor lainnya. Ia menilai, rekayasa genetik ikan merupakan alternatif pengembangan budidaya perikanan masa depan karena pertumbuhan ikan yang lebih cepat dari ikan alami. Selain itu, penggunaan makanan pakan untuk ikan hasil rekayasa genetika ikan ini lebih efisien sekitar 30 persen dibanding ikan alami, tambahnya. Ia menyebutkan, budidaya perikanan yang beroperasi pada tahun 2015 akan menyediakan setengah dari seluruh pasokan ikan yang tersedia. Total permintaan dunia produk budidaya dan penangkapan perikanan pada tahun itu diproyeksikan meningkat hampir 50 juta ton, dari 133 juta ton pada awal tahun 2000-an menjadi 183 juta ton pada 2015 berdasarkan penelitian FAO.  Pada sisi lain, ia menyebutkan, ikan hasil rekayasa tidak akan mengancam populasi alami perikanan apabila masuk ke perairan umum karena ikan steril ini tidak dapat bereproduksi. Ia menjelaskan, untuk mencapai ukuran pasar, ikan hasil rekayasa tumbuh dua kali lebih cepat dan mengkonversi pakan menjadi massa tubuh 10 persen hingga 30 persen lebih efisien dibanding ikan alami.

Rekayasa genetika telah merambah di berbagai bidang, tidak terkecuali bidang perikanan yang menghasilkan ikan kualitas unggul, sebagai contoh antara lain:

• Ikan zebra yang biasanya berwarna perak dengan garis-garis hitam keunguan, setelah disisipi dengan gen warna ubur-ubur yang disuntikkan ke telur ikan-ikan zebra maka dapat memendarkan warna hijau atau merah dari tubuhnya. Gen pemicu dari ubur-ubur akan mengaktifkan pancaran cahaya pada ikan bila ikan berada dalam lingkungan yang mengandung bahan polutan tertentu.
• Ikan karper transgenik dengan pertumbuhan mencapai tiga kali dari ukuran normalnya karena memiliki gen dari hormon pertumbuhan ikan salmon (rainbow trout) yang ditransfer secara langsung ke dalam telur ikan karper. Begitu pula penelitian lainnya memberikan hasil yang serupa, yakni seperti pada ikan kakap (red sea bream) dan salmon Atlantik yang juga sama-sama disisipi oleh gen growth hormone OPAFPcsGH.
• Ikan goldfish yang disisipi dengan ocean pout antifreeze protein gene diharapkan dapat meningkatkan toleransi terhadap cuaca dingin.
• Ikan medaka transgenik yang mampu mendeteksi adanya mutasi (terutama yang disebabkan oleh polutan) sangat bermanfaat bagi kehidupan hewan akuatik lainnya dan di bidang kesehatan manusia. Ikan tersebut setelah disisipi dengan vektor bakteriofag mutagenik, kemudian vektor DNA dikeluarkan dan disisipkan ke dalam bakteri pengindikator yang dapat menghitung gen mutan.
• Ikan transgenik menjadi tahan lama dan tidak cepat busuk dalam penyimpanan setelah ditransplantasikan gen tomat. Namun bisa juga sebaliknya apabila penerapan ditujukan untuk dunia pertanian, maka gen ikan yang hidup di daerah dingin dapat dipindahkan ke dalam tomat untuk mengurangi kerusakan akibat dari pembekuan.

Berbagai kontroversi menyelimuti produk-produk hasil rekayasa genetika. Kekhawatiran-kekhawatiran mengenai produk rekayasa genetik yang memiliki kemungkinan bersifat racun, menimbulkan alergi serta terjadi resistensi terhadap bakteri dan antibiotik selalu terjadi dalam masyarakat. Memang DNA rekombinan yang diproduksi dengan cara buatan itu dapat berbahaya jika tidak disimpan secara layak dan tindakan pencegahan yang ketat perlu diterapkan pada pekerjaan semacam ini. Jadi hanya galur-galur non-patogenik yang dipergunakan sebagai inang atau galur-galur lain yang dapat tumbuh dalam kondisi laboratorium. Menurut Blake, sejauh ini tidak ada bukti bahwa ikan-ikan hasil rekayasa tersebut akan menimbulkan ancaman pada lingkungan. “Ikan-ikan ini hanya akan memancarkan warna terang di bawah segala macam sinar, namun tidak akan mencemari lingkungan. 

Add caption

Add caption

 

Kesimpulan

Meski teknologi perkembangbiakan ikan sekarang semakin canggih namun masih susah diterima oleh masyarakat. Mungkin masyarakat masih berfikir apakah ikan-ikan hasil dari transfer gen Kekhawatiran-kekhawatiran mengenai produk rekayasa genetik yang memiliki kemungkinan bersifat racun, menimbulkan alergi serta terjadi resistensi terhadap bakteri dan antibiotik selalu terjadi dalam masyarakat. Memang DNA rekombinan yang diproduksi dengan cara buatan itu dapat berbahaya jika tidak disimpan secara layak dan tindakan pencegahan yang ketat perlu diterapkan pada pekerjaan semacam ini. Jadi hanya galur-galur non-patogenik yang dipergunakan sebagai inang atau galur-galur lain yang dapat tumbuh dalam kondisi laboratorium. Ini yang menjadikan tantangan para ilmuan dan pemerintah agar masyarakat dapat lebih mengenal ikan-ikan hasil dari transfer gen. Hal ini sudah dikemukakan Blake “sejauh ini tidak ada bukti bahwa ikan-ikan hasil rekayasa tersebut akan menimbulkan ancaman pada lingkungan. Ikan-ikan ini hanya akan memancarkan warna terang di bawah segala macam sinar, namun tidak akan mencemari lingkungan.”